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环境保护署(环保署)于1986年成立，汇聚6个政府部门的人员和资源，负责统筹及推行预防和管制污染的工作。环保署取代了环境保护处(于1981年成立以取代1977年所设的环境保护组)，成为专责处理污染问题的政府部门。1986年至2005年3月31日期间，本署主要负责执行环保法例和推行环保政策，而环保决策主要由相关的政策局制订，而近年掌管这方面事务的是前环境运输及工务局。然而，由2005年4月1日起，前环境运输及工务局负责的环保决策工作已划入环保署的权责范畴，而主管该局环境科的常任秘书长则兼任环保署署长。在这项安排下，环保署可同时拟订和推行环保政策。 政府总部决策局于2007年7月1日重组后，新设的环境局负责监督环保政策的拟订和推行。
2007年7月1日完成重组架构后，环保署已采纳新组织架构，辖下主要分为3个营运科、4个政策科、1个跨境科及1个部门事务科。各科的职责如下：
- 环境基建科：负责规划、发展和管理废物处理设施，如策略性堆填区、废物转运站及化学废物处理中心，并负责推行减废和有关污水的区域及地区性规划的计划。而渠务署则负责执行环境基建科规划的区域及地区性的污水处理计划。
- 环境评估科：负责评估各项政策与策略性及本地计划的环境影响，并处理根据《环境影响评估条例》提交的环评程序申请事宜。环境评估科亦负责制订环境影响评估与环境噪音管理的政策、策略性规划及工作纲领。
- 环保法规管理科：负责执行污染法例，鼓励和协助环保营商，做到遵守或甚至超越环保条例的要求。
- 空气质素政策科：负责制订空气质素管理的政策、策略和工作纲领范畴。
- 水质政策科：负责为水质管理方面制订政策、策略性规划和发展项目，其中包括污水处理政策及由渠务署履行的策略性污水规划和污水处理设施。
- 废物管理政策科：负责制订废物管理的政策、策略和工作纲领范畴，当中涵盖减少及回收废物的政策。
- 自然保育及基建规划科：负责制订自然保育政策和发展综合废物管理设施，并且发展试验性的可生物降解废物处理厂及有机废物处理设施。至于推行自然保育政策的工作则由渔农自然护理署负责。
- 跨境及国际事务科：负责与内地机关就共同关注的环保事务保持联络；并且制订计划，落实执行《斯德哥尔摩公约》有关持久性有机污染物的规定。
- 部门事务科：负责部门行政支援、会计、资源管理、人力资源管理、资讯技术及知识管理，并且就人力资源管理的改革及部门发展提供支援。
目前，环保署共有1 600名职员，其中四分之一属专业职系，一半属技术职系，其余则为行政及其他辅助职系。
有关文件:
环境运输及工务局环境科与环保署合并 (23.9.2004)
政府总部：环境运输及工务局(环境科)及环境保护署 [EC(2004-05)10] (17.11.2004)[PDF]
政府总部决策局的重组安排：公务员组织架构的改动 (11.5.2007)[PDF]
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